肠胃、消化系统的疾病采用辟谷会得到很好的调理，但是有些胃病期间要特别注意，例如胃溃疡、糜烂、出血的，在辟谷期间就不能喝淡盐水，也不建议参加集体辟谷，建议先把溃疡、出血调整好后再辟谷。另外，辟谷期间尽量不要喝冷水，要喝温热水，不要吃酸碱度不适的饮料。
胃溃疡患者，如果已经到了吐血的程度，表示伤口已经不小，加上预备的辟谷期不得少于七天，否则在辟谷期间还会吐血，而轻度的胃溃疡或十二指肠，只要经过七天的辟谷，重者八、九天的辟谷，都会好转的。胃酸过多，胃下垂的患者，经过两个星期的辟谷断食就会好转。另外需要注意的是辟谷之后的复食期间的饮食要格外注意。患了慢性胃肠病而身体极端衰弱的人，适宜短期的间歇辟谷，也就是辟谷两天之后再采取摄食四天这种方法，反复四到五次，再次反复之际会感觉食物味更美，身体逐渐强壮，体力也会随之增加，并会慢慢痊愈。
同时强调，肠胃疾病的患者辟谷期间原则上是只能喝清水，不得喝盐水，应加强练功采气，如果不具备这个条件，就按照指导做间歇性辟谷的方法来做。
对于特殊的胃肠病患者，可以通过其他养生方法，例如艾灸、针灸、拔罐等先把肠胃调节好，然后再辟谷。肠胃是辟谷期间影响最大的器官，因此辟谷期间必须考虑肠胃的感受，必须确保肠胃的安全，必须在肠胃承受范围内进行。
复食环节，对于肠胃疾病的学友也非常重要关键，如果在复食环节不注重饮食反而会对肠胃造成新的伤害。
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